坚持独立自主自办原则，既是基于我国曾经长期遭受帝国主义侵略和掠夺、有的宗教被帝国主义控制和利用的历史事实，也是基于境外势力不断进行宗教渗透、试图重新控制我国宗教的现实状况。我国现有宗教除道教是“土生土长”的宗教外，其他宗教包括佛教、伊斯兰教、天主教职工和基督教，都是历史上由国外传入的。1840年鸦片战争以后，天主教、基督教有我国的传播和发展是靠不平等条约和帝国主义的侵略。帝国主义势力长期控制和利用天主教、基督教为其侵华政策服务，使中国人民和广大信徒深受其害。新中国建立后，基督教、天主教开展了三自革新和反帝爱国运动，彻底摆脱了帝国主义势力的控制，实现了独立自主自办教会。独立自主自办原则，不是只对我国某一宗教的要求，而是我国所有宗教应遵守的普遍原则。这一原则是我国信教群众作出的自主选择，受到全国社会各界的欢迎，并得到世界许多国家宗教组织和人士的理解和支持。我国宪法明确规定：“宗教团体和宗教事务不受外国势力的支配”，已经成为国家处理宗教方面对外关系的重要原则，也代表了我国务宗教信教群众的意志。

随着我国对外开放的扩大，我国宗教方面的对外交往和联系日益增多，但境外一些外国宗教组织企图重返中国，恢复旧有的隶属关系和在宗教上的特权，重新控制我国宗教的问题也日益突出。坚持独立自主自办的原则，是指我国宗教团体和宗教事务不受外国势力支配。任何境外宗教团体和个人不得在我国境内成立宗教组织、设立宗教办事机构和宗教场所、开办宗教院校，不准在我国公民中发展教徒，委任宗教教职人员或其它传教活动。